菌肥又稱為生物肥或微生物菌劑，具有生物有機肥改良土壤的功效，并含有多種高濃度高活性的有益微生物菌群。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物生長發育需要的營養元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件。菌肥不但含有有機質、氮、磷、鉀等作物生長必需的營養成分，還含有大量有益微生物菌，有益菌在土壤中繁殖，能改良土壤、防治病害等。
菌肥和有機肥混合后施用，這些有益生物菌群生長在主體作物的根部，并與主體作物形成共生關系，可以促使作物更好的吸收養分，促進作物的生長發育。
菌肥可以用于浸種、蘸根、混拌底肥，溝施或穴施，越早使用效果越好。
微生物菌肥中的有益微生物菌群能抑制線蟲侵染，通過食線蟲菌群的大量萌發、繁殖，達到殺死線蟲及蟲卵的目的，有益微生物菌群能夠有效抑制土壤中30余種常見土傳病害，同時可分泌大量植物生長調節物質，降低作物的連作障礙。
一是生物激素刺激作物生長多孢菌菌肥中的微生物，無論在其發酵過程（可理解為微生物的自身繁殖過程），還是在土壤的生命活動過程中，均會產生大量赤霉素和細胞激素類等物質，這些物質接觸植物根系，會調節作物的新陳代謝，刺激作物的生長，從而使作物產生增產效果。
二是減輕病害有益菌在植物根系大量繁殖，形成優勢菌群，就減少了病原的入侵和繁殖機會，減輕作物病害。
三是刺激有機質釋放營養通過微生物活動，土壤有機質可不斷釋放出植物所需的營養元素，達到肥效持久的目的。
四是松土保肥、改善環境。豐富的有機質還可以改善土壤物理性狀，增加土壤團粒結構，從而疏松土壤，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發育，為農作物提供適合的微生態生長環境。
1、通過刺激根系的生長和營養成分的吸收，從而促進植物生長，增加作物產量，提高作物品質。
2、通過共生作用激活土壤，產生有機質恢復土壤的自然肥力并能改善土壤板結，增強土壤的保水、保肥能力。
3、生物環保（由有機物質分解而成，不含化學有害物質）。
4、通過有益微生物的天然抗菌性和抗病性來保護植物免受病菌的侵害。
因為微生物肥料是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地溫、濕度、光照等等因素的影響，所以在使用方法上有著合理的規范，方法使用對了，效果發揮好，不浪費。
1、育苗時開始使用效果最佳提前一天，浸種十五分鐘至半個小時，然后陰涼處晾干，提前一二天，均勻混拌育苗基質，略蘸小水澆灑，讓菌劑提前定植繁殖生長。覆蓋薄膜，以免雜菌混入。
微生物肥料越早使用越好，為什么這樣說呢？因為微生物肥料當中含有的有益菌，可以促進土壤當中有益菌的繁殖，并且抑制雜菌的生長，對土壤的理化性質起到很好的改善作用，并且能夠改善土壤因長期使用化肥而造成的土壤板結、酸化、鹽漬化等一系列土壤性問題。
并且微生物菌肥還能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病蟲害能力。所以在育苗期就開始使用生物菌肥，對作物的病蟲害提前預防起到了很好的保護作用，間接地減少了因病蟲害而造成的經濟損失。
2、定植穴施或溝施穴施為佳，均勻混拌麥麩、碎磨稻糠、豆粕等有機質，若少量添加玉米粉、黃豆粉尤佳（為避免豆粕等有機質燒苗，盡量使用腐熟過的，并添加曬干的泥土）。施入后及時覆土。
微生物肥料為什么穴施效果最佳？作物的生長離不開營養，而作物葉片光合作用供給的營養只占很少一部分，大部分的營養供給都是來自于作物的根系吸收。所以保證根系的生長及根系周圍土壤環境健康是十分有必要的。只有保證了根系周圍土壤環境營養豐富，有機質充足，就能保證根系很好地生長，為作物提供全生長周期的營養需求。
3、混拌底肥、有機質旋耕進土下若第一次使用微生物菌肥，建議加倍用量，旋耕下底肥時使用。
這是為什么呢？因為長期使用化肥的土壤，比如連作三年以上的土壤，土壤營養平衡一般就會被打破，常年使用的就會發生一系列土壤問題，嚴重危害了作物的質量和產量。
1、微生物肥料避免高溫干旱條件下施用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下微生物的生存繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用，要結合蓋土澆水等措施，避免對菌的存活造成影響！
2、一些人為圖方便，習慣與化學農藥混用，這樣就降低了菌肥中含有的活菌成分；另外，將微生物菌肥與殺細菌藥劑長時間放置在一起，極易影響菌的活性，造成部分菌死亡。
3、土壤當中有機質不足時，盡可能先補充有機質再考慮使用菌肥。
4、微生物菌在土壤生長繁殖最快的溫度為28-30°，溫度太低的時候使用沒有效果，在包裝中存活的時間不超過18個月！一般存活時間為6-12個月！
5、微生物肥料對土壤環境要求比較嚴格；施入土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可發揮作用，見到效果，而且長期均衡的共給作物營養，這就是為什么菌肥見效慢的原因。但是有些打著寫著菌劑的證，但是里面確是糖蜜＋調節劑＋氮肥的用上5-7天很快也可以出現效果的，它可以生根但是土壤小范圍環境改善不了，最終根系也會早衰！后面繼續出面根系吸收障礙！
6、不同的使用方式對效果有一定的影響，應避免在土壤表層撒施、高溫強光下噴霧，做底肥、溝施、穴施、灌跟使用時采用局部用肥的方法會有利于肥效的發揮，與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響，建議將畜禽糞腐熟后再混用。
7、微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
1、代理商，零售商接產品一定要考察公司，確定使用原料，看原料發酵設備！沒有發酵設備你可以立馬走人了，除非你本身就不關心質量，只關注價格！沒有發酵翻拋設備，質量為零！
2、作為種植戶不要去相信企業的廣告，再大的企業，再好看廣告，花的錢都是用戶出錢的！羊毛不會出在豬身上！
3、味道發臭的不要，摸著袋體溫度太高的不要，沒有發酵完全，容易在土壤中產生二次發酵，造成燒根，死根，燒苗等危害！
4、用礦泉水瓶灌上水蓋好蓋子上下晃動，沉淀太多雜質的不好，顏色越深越好，晃動后擱置一定時間顏色變回白色或者淺藍色的不好！顆粒的可以用外力壓碎用水實驗！這也是區分煤干石原料的有效方法！好的有機質原料顏色不會變白，棕褐色，褐色，豆油色是較好的有機質！完全發酵好的有機肥菌肥也具有一定的懸浮性！
5、這也是常見的實驗辦法，用種子或者小苗，用成品有機肥或者菌肥用東西裝好，加上水，看看是否生根，這個辦法只能驗證是否發酵，對于鑒別原料意義不大，煤干石加木薯渣做的同樣能生根發芽！
6、這也是最正確的辨別方法，扒根查看根系生長狀況，差的有機肥，菌肥幾乎不生根或者很弱甚至會燒根使根系發黃發黑，好的有機肥菌肥根系毛細根成團生長！有一些幾個月在土壤中還不分解的說明原料，工藝，添加物配比都不科學！
7、就是單一菌種和復合菌種肥料的差別，我們說，不同菌種的功能不一樣，所以，只添加一種菌的肥料功能自然比較單一。3種以上多種復合菌相互促進、相互補充，其效果遠遠大于單一菌種。將不同功能的有益菌組合起來，實現多種功能的相互協同、共同作用，也是一個有技術含量的工作。不是每個含菌的肥都有效果，關鍵是含了什么樣的菌。
都知道菌肥好壞主要看菌肥是否能達到應有效果，但這個效果則需要菌肥的菌活性作為保障，菌肥活性應該如何保存呢？我們來看一看。
1、菌肥是有保質期的
大部分菌肥必須保存在低溫（最適溫度4℃～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有些菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒溫箱內，這類菌肥的有效期通常只有一年。一些芽孢桿菌肥的保質期與生產工藝水平高低有關，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平較高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平低的則不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品及其保存環境。
2、避免誤操作導致菌種死亡
微生物菌肥施用過程中應避免陽光直射，蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，采用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，對防治真菌、細菌都有效，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議用菌肥后不要再用農藥灌根。
3、創造菌種適繁環境
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在pH值7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此，必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。
微生物菌肥中的微生物大多是好氣性的，因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
